2004年1月29日、ミシシッピ州で進行中の彼と1998年から別居中の妻ケリーとの離婚裁判に対して、裁判所は資料その他を非公開にする命令を下した。

この裁判の最終段階に関する裁判日程は設定されておらず、妻ケリーの代理人も「裁判に関して他には話せない」とコメントを避けている。また、ジェリー・リー・ルイス側にもコンタクトは取れていないとのこと。今のところ、2003年9月の審問で、妻ケリーは、彼らの間にできた16歳になる息子、ジェリー・リー・ルイス三世の保護監督権と毎月１万ドル（約105万円）の養育費、さらにミシシッピ州の家の使用権を得ている。それに対しジェリー側は、彼らが暮らしていたネスビットの自宅（ルイス牧場）の使用権を得ているのみ。

彼は、’57年12月に13歳の従姉妹 Myra と3度目の結婚。前妻とは正式に離婚しておらず、実際は重婚だった。’58年5月、イギリス公演に出かけた Jerry が13歳の従姉妹と結婚したことを発表、すると教会などから非難が殺到し、Jerry のレコードは全米のラジオ局から放送禁止処分を受け、公演もほとんどがキャンセルされた。以降彼は謹慎を余儀なくされアメリカの音楽業界から干されるという経験を持つ。